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新国立劇場バレエ団は新国立劇場の開場とともに島田廣芸術監督のもと活動を開始し、1997年10月24日に「眠れる森の美女」でデビューした。主な古典作品を次々とレパートリーに加えたが、1999年に島田の後を継いだ牧阿佐美芸術監督は、「シンデレラ」（アシュトン振付）、バランシンの諸作品、「こうもり」「コッペリア」（プティ振付）、「ロメオとジュリエット」「マノン」（マクミラン振付）といった20世紀の古典から、エイフマン、ドゥアト、サープなどの現代振付家の作品まで、バレエ団のレパートリーの幅を広げ、これまでに上演した作品は40近い数にのぼる。2004年、牧阿佐美芸術改定振付「ライモンダ」で、バレエ団は朝日舞台芸術賞を受賞した。
2008年には米国ケネディ・センターにおいて海外デビュー。翌2009 年にはモスクワ・ボリショイ劇場に招待され、牧阿佐美振付「椿姫」を上演し成功を収めた。
2005年、デヴィッド・ビントレー振付「カルミナ・ブラーナ」を上演した新国立劇場バレエ団は、振付家と公演を通じて強い信頼関係を築き、２年後にビントレーはバレエ団のために新作全幕バレエ「アラジン」を振り付け。「アラジン」は国際的な関心を集め、ビントレーはバレエ団の芸術参与として迎えられる。
ビントレーは2010/2011シーズンより芸術監督に就任。バレエ団は「A New Direction」という新しいテーマを掲げ、さらに活動の幅を広げている。